"Molekulare Phylogenie" - F1-Praktikum (Hankeln, Herlyn, Lieb)

T. Hankeln (Institut für Molekulargenetik) Script1
H. Herlyn (Institut für Anthropologie)
B. Lieb (Institut für Zoologie)

Wo? SB1

• Datenbankanlaysen EMBL, GenBank und SwissProt

• BLAST for beginners
• how to access records in NCBI, tutorial
• An introduction to Entrez
• Bielefeld Universtiy Bioinformatics server

• Script zu Genomvergleichen
• Script zur Phylogenie
• Multiple Sequenzvergleiche mit ClustalX und Modifikation mit GeneDoc
• Erstellung von Stammbäumen mit Phylip package
• Erstellung von Stammbäumen mit Mega
• Visualisierung mit TreeView

Sequenzdaten und Literatur

• Proteine.seq
• DNA1.seq
• MT-alignment
• Aufgabe8
• Correlation Between the Substitution Rate and Rate Variation Among Sites in Protein Evolution
• Molecular phylogenetics: state-of-the art methods for looking into the past

Links

Programme

• A suite of web-tools
  
• Find Model
  
• MrBayes
  
• Mega
• PAUP
  
• PaupUp
• ProtTest
• PYML
• RaxML !!! RAxML-VI-HPC: maximum likelihood-based phylogenetic analyses with thousands of taxa and mixed models. !!!
• Sequence Conversion
• Robust Phylogenetic Analysis For The Non-Specialist
• Treefinder