Auch in den Jahren 1959 bis 1963 spielte der FC Singen nach dem Wiederaufstieg in der II. Liga Süd, wobei er nicht an die früheren Spitzenleistungen anknüpfen konnte, sondern meist gegen den Abstieg kämpfen musste. Höhepunkt dieser Zeit war immerhin die Saison 1961/62 mit einer unerwartet guten Hinrunde und am Ende Platz 9.
Diese Phase endete mit der Auflösung der II. Liga im Sommer 1963. Am Ende gehörte der FC Singen nicht zu den neun Erstplatzierten, die sich für die neu geschaffene Regionalliga qualifizierten, und musste daher in die Amateurliga zurück – das war die inzwischen entstandene Schwarzwald-Bodensee-Liga.